SMP St. Antonius MataramMelihat kondisi pada waktu itu bahwa tidak tertampungnya semua lulusan ke SMPK Kesuma dan melihat ekonomi keluarga-keluarga katolik khususnya yang merasa kesulitan untuk bersekolah ke SMPK Kesuma Mataram serta untuk melaksanakan tugas pastoral Gereja, maka atas perjuangan dari pengurus Yayasan (Alm. Suparjan) maka dibangunlah sekolah yang terletak di belakang SDK St. Antonius Ampenan dan TKK St. Antonius Ampenan. Hal ini bisa dibuktikan pada angkatan pertama siswa-siswi yang tamat dari SDK St Antonius Ampenan dapat melanjutkan sekolahnya di SMPK St. Antonius yang pada waktu itu lokasi SMPK St Antonius ada di SDK St. Antonius Ampenan (pada pagi hari di pakai oleh SDK Antonius Ampenan dan pada siang hari dipakai oleh SMPK St. Antonius Mataram). Pada saai itu perekrutan tenaga di SMPK St Antonius banyak dibantu oleh Guru dari SMAK Kesuma.

Sekolah ini resmi didirikan pada tanggal 01 Juli 1987. SMPK Santo Antonius Mataram yang berada dibawah pengelolaan Yayasan Insan Mandiri (dahulu bernama Yayasan Swastiastu), sudah cukup banyak menghasilkan  alumni  yang telah sukses dan berhasil dalam meniti kariernya baik sebagai pengusaha,  guru, dokter dan bidang profesi yang lainnya serta tidak sedikit pula yang telah menjabat pada institusi pemerintahan. Betapa banyaknya para anak didik yang pernah diasuh oleh tangan-tangan dingin (guru-guru) di SMPK Santo Antonius Mataram.

Untuk mempersiapkan siswa/siswinya menghadapi kehidupan di era globalisasi yang semakin ketat, maka disamping proses kegiatan akademik, para pendidik/guru SMPK Santo Antonius Mataram sejak awal masa berdirinya hingga  kini selalu  menanamkan sikap disiplin, dan mengajarkan sikap berprilaku sesuai tata krama serta budi pekerti kepada para anak didiknya, sehingga bila suatu saat mendengar kesuksesan yang diraih para alumni di luar almamaternya maka hal tersebut merupakan sesuatu yang sangat membanggakan bagi para pendidik/guru SMPK Santo Antonius Mataram.

Adapun yang menjabat Kepala Sekolah SMPK Santo Antonius Mataram sejak awal hingga saat ini adalah sebagai berikut:

  1. Y. Nyoman Sudarna (periode 01-07-1987 s/d 30-06-2000)
  2. Sr. M Aloysia,AK., S.Pd (periode 01-07-2000 s/d 30-06-2002)
  3. Sr. M Hilaria, AK., S.Pd (periode 01-07-2002 s/d 30-06-2007)
  4. I Gd. Putu Nyudaksana Y., S.Ag (periode 02-07-2007 s/d 02-07-2012)
  5. Sr. Aslina BR Ginting (periode 02-07-2013 s/d 02-07-2014)
  6. Rahmawati Sembiring, S.Pd (Periode 02-07 -2015 s/d 02-07-2018 )